A Irmandade da Santa Casa Coração de Jesus, entidade privada sem fins lucrativos, certificada como entidade de assistência social em saúde, foi fundada em 06 de junho 1926, por pessoas dispostas em dirimir problemas no âmbito da saúde na região do Litoral Norte do Estado de São Paulo, em especial com o intuito de acolher e prestar assistência médica à comunidade carente. 

       







                                                                                       






 




Seus primeiros fundadores eram membros do apostolado de oração da irmandade (Matriz de São Sebastião).

A primeira sede - Rua Prefeito João Cupertino dos Santos - foi doada por um casal de moradores da cidade e foi onde, por muito tempo, abrigou necessitados de assistência na época.  Em vista ao volume de atendimentos, iniciou-se uma campanha para a construção de um novo prédio na região central do município, mas somente em 1963, coube ao Governador Adhemar de Barros inaugurar o Hospital de Clínicas de São Sebastião, e manter o atendimento à população através da parceria mista com a entidade filantrópica.

Por meio do Decreto 3865/2007 foi determinada a Intervenção do poder público municipal no Hospital de Clínicas de São Sebastião (HCSS). Entre agosto de 2007 e junho de 2010 a unidade foi gerenciada por organizações sociais e organizações da sociedade civil de interesse público, por meio de Contratos  de Gestão, Convênios e Termos de Parceria, restando todos estes infrutíferos e culminando-se na rescisão de tais instrumentos. Visando contornar tal situação , em junho de 2010, foi formalizado o Termo de Cooperação Interinstitucional - firmado entre o Interventor (nomeado pelo Chefe do Poder Executivo Municipal), Secretaria da Saúde e Irmandade da Santa Casa Coração de Jesus - com o precípuo objetivo de união de esforços , na busca da execução de ações e serviços públicos de saúde voltadas à assistência hospitalar por meio do cumprimento de objetivos, ações e metas estabelecidos. Naquela ocasião (junho/2010) já se inseriam na gestão o então Pronto Atendimento de Boiçucanga e o Pronto Socorro Central.

O referido Termo de Cooperação Interinstitucional foi substituído em janeiro/2015 pelo Convênio nº 01/2015 celebrado entre o município de São Sebastião e a Irmandade da Santa Casa Coração de Jesus. Tal instrumento contratual vigorou entre os anos de 2015 e 2020, sendo substituído pelo Convênio nº 01/2020 - vigente até os dias atuais.  No contexto atual, inserem-se na gestão, além do Hospital de Clínicas de São Sebastião (HCSS), a Unidade de Pronto Atendimento (UPA Centro) e Hospital de Clínicas da Costa Sul (HCSS).

Atualmente,  o Hospital de Clínicas de São Sebastião atende pacientes dos quatro municípios do Litoral Norte, bem como aqueles que buscam atendimentos em determinadas épocas do ano, como na temporada de verão (período no qual há grande variação sazonal da população). Seu financiamento se faz principalmente da produção de serviços hospitalares para pacientes internados no âmbito do Sistema Único de Saúde e complementarmente por meio de atendimentos aos pacientes da particulares e oriundos de saúde suplementar (operadoras de saúde).